瑶山鳄蜥适生于大山小冲沟中；喜栖在有乔木林，林下有乔灌木藤蔓，地表植被潮湿阴凉，透光度在20%左右，有流水的积水窝附近。平时卧于小树枝上(故又名大睡蛇)，一受惊扰，便从树上跳入水中躲藏。食性复杂，以小青蛙、蚯蚓、蚂蚱、金龟子、蜻蜓、蟑螂等为主。

　　每年l0月至翌年3月，为鳄晰冬眠期。鳄蜥为卵胎生繁殖的动物，每年夏秋交配。受精卵在母腹中发育，第二年4月左右产出，刚生出的小鳄蜥，就能独立生活。瑶山鳄蜥，对于研究物种形成与演变，进行国际学术交流，均有重要作用。